این بقعه در دوره كیاییان و صفویه ساخته شده است. بنای بقعه با شکل مستطیل با بام سفالین، در كنار اتاق حرم دارای ایوان هایی با فیل پاهای جانبی است. دامنه ی بام سه پشته و دیوارهای ایوان با دیوار نگاه های مذهبی تزیین شده است. درِ چوبی و قدیمی بقعه دارای كتیبه هایی با آیات قرآنی و ادعیه است كه تاریخ 870 هـ.ق و نام فقیه احمد بن ابوالرضی بن علی پینچایی بر روی آن مشاهده میشود. اشعاری از محتشم كاشانی به تاریخ 1333 قمری بر دیوار ایوان نقش بسته است.
مطابق لوح موجود در بقعه، آقا سیدمحمد برادر حضرت امام موسی کاظم (علیه السلام) و فرزند امام جعفر صادق (علیه السلام) و عموی، آقا سیدجلال الدین اشرف (علیه السلام) معرفی شده است. علت نامگذاری بقعهی امامزاده سیدمحمد به آخوند مزار، از آن جهت است که اکثر متولیان و اداره کنندگان آن در گذشته آخوند و ملا و شیخ بوده اند. از جمله آنان می توان به شیخ منتهی، شیخ محمدرضا مزاری و برادرشان شیخ احمد مزاری اشاره نمود.
